Судя по описанию возможны:
1 - повреждение шестерён 2 и 3 передачи;
2 - синхронизаторов 2 и 3 передачи (тут несколько вариантов кольцо синхрона или его зубья или и то и другое).
Также можно предположить, что:
3 - повреждены подшипники/подшипник валов;
4 - низкий уровень трансмиссионного масла, масло утратило свои свойства, мусор в КПП.
Случаи описанные в пунктах 3 и 4 менее вероятны, но иногда именно в них заключается вся суть проблемы (дело в том, что не всегда слышен шум на более высоких передачах из-за гула покрышек, шума набегающего потока воздуха...), поэтому не лишним будет проверить уровень масла, проверить наличие мусора в картере КПП. Кстати сколько машин пробежал на данном масле в коробке?