Как на самом деле, не скажу! Ибо не телепат. Но от уплотнителя таки могёт набираться вода, у меня скапливалась и когда просто машИн стоял.
Чтобы проверить это, нужно после такого дождика/мойки открыть дверь и пожмакать уплотнитель в районе дырочки, которая находится внизу в 20-30 см (точно не вспомню) от "пистолета"/переднего края двери/ от панели кузова на которой находится петли двери. Если водичка из отверстия "чвиркнет", то это один из вариантов, а так надо бы посмотреть откуда может текти может что-то произошло с заглушками/прокладками около моторного щита.
П. С. Для меня это нонсенс, у себя посмотрю может выявлю места возможного подтекания, тогда отпишусь.